粪便样本反复冻融的影响_肿瘤细胞_氨基酸代谢_非靶向代谢_脂质_多组学代谢流检测分析_脂肪酸定量

技术问答

粪便样本反复冻融的影响

1月 30, 2019

如下图所示，冻融两次和三次的粪水样本和新鲜粪水样本在PCA图上存在明显区分，且可以分别和新鲜粪水样本建立稳健的OPLS-DA模型。反复冻融对氨基酸和尿苷有显著影响[1]。因此，粪便样本应当提前分装，避免反复冻融。

图4.不同冻融次数粪水样本的PCA图和差异代谢物

技术问答

代谢组学数据处理——代谢通路分析

通过上述方法筛选到差异代谢物后，还需要挖掘和这些代谢物相关的代谢通路。此时，可以采用MetaboAnalyst网站(http://www.metaboanalyst.ca/)进行代谢通路分析（Metabolic pathway analysis），代谢通路分析分为富集分析（Enrichment analysis）和通路分析（pathway analysis）。通路分析中添加了通路拓扑分析（topology analysis），会输出通路在整体网络中的重要性（impact）。下图展示了典型的代谢通路分析图。

_{代谢通路分析展示图（来源：MetaboAnalyst网站）}

代谢组学数据处理——差异代谢物筛选

筛选差异代谢产物通常基于OPLS-DA模型，因为它更易于进行模型解释，所有跟分组相关的信息都集中于第一维。筛选的标准通常是基于以下两个指标：

Corr.Coeffs./p(corr) （Correlation Coefficient），是样本得分值t和变量X间的相关系数-Corr(t, X)，代表了变量的可靠度。该值没有固定阈值，通常设定对应的P值 < 0.05。
VIP （Variable importance in the projection），为变量对模型的重要性，描述了每一个变量对模型的总体贡献，通常设定阈值为VIP >1。

除此之外，基于单维检验的P值和变化倍数（Fold change）所作的火山图（Volcano plot）也是常用的筛选方法。

脂肪酸定量检测_代谢流检测分析

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