目前已被公认的事实是血清和血浆的代谢轮廓存在很大差异。如下图1所示，无论是液质平台（正负离子检测模式，图1-A,B），还是气质平台（下图1-C,D），血清和血浆样本在PCA等模型得分图上都有明显区分[2, 3]。相比于血浆，血清中溶血磷脂酰胆碱、溶血磷脂酰乙醇胺、氨基酸和葡萄糖等代谢物显著升高，而丙酮酸、柠檬酸、尿酸和磷脂酰肌醇则显著降低[4]。因此，对于一个研究项目来说，我们只能选择同一种类型的样本。另外，从图1-D中我们可以发现，血清和血浆的代谢轮廓会随着孵化时间的不同而改变。这提示我们要确保样本收集过程的一致性。血清样本由于需要时间去凝结，尤其需要注意尽可能保证所有样品凝血时间的一致性。

图1. 血清和血浆样品PCA（A,B,C）和PLS-DA（D）得分图。

代谢组学关注的是不同个体间代谢轮廓的差异性。那么，血清和血浆的巨大差异是否会影响个体间的代谢轮廓？下图是将血清和血浆分别作PCA得分叠加图，从图上可以看出个体间的相对位置较为类似。对血清和血浆样本得分值作Mantel test，ESI+和ESI-模式下的相关性分别为0.72和0.88[2]。因此，血清和血浆样本均可以应用于代谢组学，但找出的差异生物标志物会有细微的区别。

图2. 血清和血浆样品分别作PCA后的叠加得分图。