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技术问答

对于临床样本而言，寻找生物标志物时个体差异太大了，请问关于找标志物组大概是怎么做的？

7月 12, 2017

代谢组学首先要控制样本质量，性别、年龄、收集疾病用的正常对照要在同一家医院、如果多中心的（各个中心都要收集对照）这些可控的因素要控制好，后续虽然也有矫正方案，但不如开始的时候就考虑进去为好。
样本数目, 这个和疾病相关。
统计方法，多维统计的方法往往比单维统计在找代谢物组上有优势，两种方法互为补充和验证。

技术问答

代谢组学数据处理——代谢通路分析

通过上述方法筛选到差异代谢物后，还需要挖掘和这些代谢物相关的代谢通路。此时，可以采用MetaboAnalyst网站(http://www.metaboanalyst.ca/)进行代谢通路分析（Metabolic pathway analysis），代谢通路分析分为富集分析（Enrichment analysis）和通路分析（pathway analysis）。通路分析中添加了通路拓扑分析（topology analysis），会输出通路在整体网络中的重要性（impact）。下图展示了典型的代谢通路分析图。

_{代谢通路分析展示图（来源：MetaboAnalyst网站）}

代谢组学数据处理——差异代谢物筛选

筛选差异代谢产物通常基于OPLS-DA模型，因为它更易于进行模型解释，所有跟分组相关的信息都集中于第一维。筛选的标准通常是基于以下两个指标：

Corr.Coeffs./p(corr) （Correlation Coefficient），是样本得分值t和变量X间的相关系数-Corr(t, X)，代表了变量的可靠度。该值没有固定阈值，通常设定对应的P值 < 0.05。
VIP （Variable importance in the projection），为变量对模型的重要性，描述了每一个变量对模型的总体贡献，通常设定阈值为VIP >1。

除此之外，基于单维检验的P值和变化倍数（Fold change）所作的火山图（Volcano plot）也是常用的筛选方法。

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