环境温度及变化均会对生物体内的小分子代谢物产生影响。若将超低温冰箱或液氮中的生物样本直接放置到室温环境，代谢物氧化降解或代谢酶活性恢复的时间差异，会引起代谢物组成和浓度的变化。因此，代谢组学样本的解冻需要在冰浴上缓慢进行。

代谢组学样品应尽量避免反复冻融。Helen等人发现尿液经过九次冻融后，其代谢轮廓的差异相比个体差异（相同颜色代表同一个体）要小（图5）[10]。另一篇报道也发现冻融对生物样本的影响并没有我们想象的那么大，但对临床样本而言会有个体差异[6]。某些个体的样品较为稳定，而有些个体的样品即使经过一次冻融，其代谢轮廓也会发生剧烈波动（图6 A&B）。另外，不同代谢物种类对冻融的敏感度也不同，如肉碱经过两次冻融后，其浓度显著降低（图6 C）。因此，我们建议在存储前有计划地将样品提前分装好，尽量避免反复冻融。生物样本冻融不超过六次为宜，且需在低温下缓慢解冻。

图5. 六个临床尿液样品反复冻融九次后的PCA得分图。

图6. 冻融对代谢轮廓的影响。