公开课回顾 | 基于代谢组学的功能活性代谢物筛选策略
2020年2月19日绘谱学堂首期微信公开课–《基于代谢组学的功能活性代谢物筛选策略》由麦特绘谱技术保障中心负责人池逸博士于2月19日主讲，由于报名非常火爆，报名人数远超微信群上限，为了满足老师和同学们的学习热忱，20日麦特绘谱立即加开第二场。参加本次课程的老师和同学们认真听讲并踊跃提问与交流。在此，小编整理了一份听课笔记分享给大家，以便各位随时温习查阅。
本期公开课分为三个部分，第一部分着重介绍了小分子代谢物如何通过和上游大分子互作来调控表型；第二部分介绍了代谢组学是发现功能活性代谢物的有力工具，并基于代谢组学找到的差异代谢物，提出了五种进一步筛选候选功能活性代谢物的策略；第三部分以CNS上的高分案列讲解了前述五种策略。开展代谢物功能研究的重要一环是代谢物鉴定，而这也是麦特绘谱花大力气自建1500+小分子代谢物质谱库（JiaLib™）以及开发多种基于标准品的绝对定量方法的初衷。
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Q&A
Q1. 血浆与组织特异性不同，该如何去考虑它们之间的不同？
A1：该问题需进一步深入研究，一方面需关注靶器官组织到血液的中间受体或者转运体等的表达情况，另外一方面考察是否出现其他协同作用。
Q2. 贵司的宏代谢组学检测方法，一般情况下检测小鼠粪便样本能得到的成分大概在多少个，相比靶向的优势是什么？
A2：一般的靶向检测都是针对少量的性质相近的代谢物进行检测，我们的宏代谢组虽然采用的是靶向的仪器，但属于广谱的检测方法，可以针对多种重要的菌群代谢物进行检测。对于粪便样本，可以绝对定量140种左右菌群-宿主代谢物。
Q3. 如何判断哪些代谢物是人体自身产生的，哪些是菌群产生的？
A3：判断代谢物的来源主要还是看人体或者菌群是否有合成该物质的酶，可通过KEGG或其他数据库进行检索。对于库中也没有的，需通过文献支持或者自己的功能验证结果才能得出由哪个产生的结论。
Q4. 代谢组学数据分析中，选择我们两组之间差异大的通路是依据impact值还是p值，具体的界定值是多少？
A4：优先参考p值，其次为impact值。p值或者FDR矫正后的p值通常阈值是0.05，impact没有具体的阈值，越大可能越好。
Q5. 单纯代谢组检测中的P值、VIP值和fold change值，该如何选择合适的指标筛选关注的代谢物？
A5：综合考虑单维和多维的指标，如果能取差异代谢物交集最为可信，相当于双重佐证。当多维模型过拟合时，可考虑单维差异物筛选指标。
Q6. 请问贵司是否有菌群代谢物相关数据库？
A6：菌群相关代谢物数据库我们正在建立，目前菌群相关代谢物绝对定量检测数量已经扩充到200种。
Q7. 什么情况下选择靶向代谢组学，或者说靶向代谢组学适合于哪种情况？
A7：与非靶向不同，靶向代谢组学是在有预期研究目标代谢物或通路时采用。比如已经做完非靶向，找到一些差异物，可再用靶向的方法对结果进行验证，或者用其他组学发现特定代谢通路显著相关，此时可采用靶向代谢组学针对该通路进行靶向验证。
Q8. 当一种m/z查询到很多可能的化合物，该如何进一步筛选生物标志物？
A8：这还属于物质鉴定这一步，目前的物质鉴定还是依赖于代谢物标准库的。这种情况多为公用数据库比对时常出现，尽量用二级谱数据去比对，其次判断代谢物来源，也可以参考HMDB数据库。
Q9. 血清血浆和粪便、尿液的样本在检测过程中有什么区别，如何决定选哪种类型的样本？
A9：一般不同样本类型前处理方法有区别，样本类型结合课题疾病背景，如考虑菌群参与多会选粪便、肠内容物，入血体循环的考虑血液，尿液样本最好能收集全天尿量记录体积再取部分，组织样本比较明确和稳定常作为非靶向首选，尤其是肿瘤组织。
Q10. TMAO类物质靶向检测中，TMA高的分组TMAO低，TMA低的组TMAO高，如何进一步解释这个问题？
Q10：可以对代谢途径的酶进行检测，单纯的代谢数据只能是作一些合理的推测。
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麦特绘谱公众号此前推出“基于代谢组学的功能活性代谢物筛选策略”、“免费公开课 | 在家防疫，请签收我们的关爱”转发送好礼活动，届时公布朋友圈点赞数结果，活动已于2月25号中午12:00圆满结束。
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