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糖代谢重编程在急性髓细胞白血病恶性进展中的作用及糖代谢抑制剂药物的开发

7月 11, 2018
Q&A
1. 第一篇文章中质谱分析后如何进行通路富集分析­，如何从145条通路中筛选出TCA和糖酵解通路­？
答：本项研究中应用在线Metabolite Set Enrichment Analysis (MSEA)软件进行通路富集分析，因研究团队的兴趣点集中在葡萄糖代谢途径的活性和临床表型相关性研究，根据研究兴趣和MSEA 的p值选择了糖酵解和TCA循环。
2. 代谢组学GC-TOFMS非靶代谢组学覆盖的代谢物范围？
答：GC-TOFMS 非靶向代谢组学检测物质种类可涵盖胆汁酸、脂肪酸、氨基酸、多元醇、芳香胺类、有机酸、脂类、激素、吲哚、糖代谢、生物胺、肉碱类、菌群-宿主共代谢产物等，其涉及的代谢通路可覆盖95%以上Pathway。
3. Metablite Enrichment Analysis的标记物删选标准，是不是用全部鉴定的标记物来做这个分析？
答：本研究将所有代谢物输入到在线工具MSEA中进行富集分析。
4. 代谢物检测后，如何进行代谢通路分析？
答：可以使用在线的工具Metabolite Set Enrichment Analysis（MESA）做通路分析，或者KEGG网站进行通路分析，麦特绘谱也有自主研发的XploreMET软件可以进行通路分析。
5. 采用气相色谱质谱检测代谢物，对样品制备有什么要求？
答：各种生物样本的收集和运输方案麦特绘谱均有详细总结（亦可咨询相关技术人员），气质、液质和核磁代谢组学的收集方案基本一致。在气相色谱质谱上机前的样品制备常采取沉淀蛋白或者二次除蛋白的方式进行，且要确保全过程低温操作。此外，衍生化之前样品的冷冻干燥、衍生化时间和温度要注意有效控制。
6. 为什么会特别关注急性髓性淋巴细胞白血病（AML）的糖代谢？
答：以前的研究报道了葡萄糖代谢在实体肿瘤中的重要作用，包括诱导耐药性和细胞增殖。 由此我们推测葡萄糖代谢对AML至关重要，所以在研究中关注葡萄糖代谢。
7. 分离正常人单核细胞需要多少外周血，是不是磁珠分选出来的，正常人外周血单核细胞体外会不会扩增？
答：根据研究经验，30 mL人体新鲜外周血中可以获得约3×10E7个单核细胞。使用Ficoll-Paque PREMIUM密度梯度培养基从全血中分离单核细胞，在体外不能扩增人单核细胞。(https://www.gelifesciences.com/en/al/shop/cell-therapy/media/ficoll-paque-premium-density-gradient-media-p-05822).
8. BALB/c小鼠建模方法是化学诱导么？­
答： 给亚致死照射(3.5Gy)的小鼠尾静脉注射1×10E5 GFP阳性的AML1-ETO及C-KIT突变的小鼠白血病细胞（脾细胞）来构建AML小鼠模型。
9. 六个marker计算模型的系数是怎么计算获得的？
答：通过主成分分析以确定每种代谢物的系数。具体而言，应用第一主成分（这6个代谢物中的加权平均表达式）来获得预测模型。
10.  该实验中老鼠品种是哪种？
答：8周龄BALB/c雌性小鼠。
参考文献：
1. Xia, J. and D.S. Wishart, MSEA: a web-based tool to identify biologically meaningful patterns in quantitative metabolomic data. Nucleic Acids Res, 2010. 38(Web Server issue): p. W71-7.